同省などによると、センターは原子力関連施設の解体方法や放射性廃棄物に関する調査、研究を行っている。独立行政法人日本原子力研究開発機構（茨城県東海村）からの出向職員もおり、機構が給与の一部を支払っているが、センターが受注業務の経費を請求する際、機構負担分も人件費に含めるなどのミスがあった。
会計検査院の検査を控えた09年5月、センターがミスに気付いたという。報告を受けた同省などが立ち入り調査を行い、5年分27件の発注業務の支払いを点検し直した。
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